Phylogénie des souches d’Escherichia coli isolées à partir de la moule Mytilus galloprovincialis d’élevage et sauvage
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Date
2013-10-03
Authors
ZEBILA IMANE
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Abstract
Escherichia coli (E. colï) est un indicateur de pollution d'origine fécale humaine ou animale. Sa présence dans les eaux de consommation ou les aliments constitue un risque non négligeable pour la santé humaine. Ces bactéries, lorsqu'elles sont trop concentrées, peuvent poser des problèmes de santé aux consommateurs de produits de la mer contaminés tels que les bivalves.
L'identification d'un micro-organisme est fondée sur des critères subjectifs. Quelle que soit la qualité du travail réalisé et de la méthode d'identification utilisée. Il n'existe pas une classification unique. La reconnaissance des espèces par les procédés d'identification est basée sur les propriétés phylogéniques ou biochimiques de plusieurs souches jugées comme représentatives. En bactériologie clinique, les germes à identifier sont ceux qui présentent une importance pour l'homme.
Dans ce travail nous nous sommes intéressés à la détermination des groupes phylogénétiques de l'espèce Escherichia coli qui est un hôte commun de la microflore intestinale de l'homme et des animaux à sang chaud (mammifères et oiseaux). La majorité des souches d'E. coli sont commensales, mais certaines ont toutefois été associées à des pathologies intestinales (Levine, 1987) ou extra intestinales (Pohl, 1993).
Le rôle du fond génétique dans la pathogénicité des souches d'E.coli est attesté par le lien observé entre le type de pathologie et les différents groupes phylogénétiques de l'espèce. En effet, l'analyse phylogénétique a montré qu'Escherichia coli est composé de quatre principaux groupes phylogénétiques (A, Bl, B2 et D) et que les souches extra intestinales virulentes appartiennent principalement aux groupes B2 et D, alors que la plupart des souches commensales appartiennent au groupe A et Bl (Escobar-Pâramo et al., 2004a).
Dans ce contexte, l'objectif de notre travail a été la détermination par PCR des groupes phylogénétiques des souches d'E.coli isolées à partir de moules sauvages et des moules d'élevage.